Junketsu no Maria berlatar di Perancis pada era Perang Seratus Tahun. Cerita ini berpusat pada Maria, seorang penyihir muda yang sangat kuat dan tidak menyukai peperangan. Dengan menggunakan sihirnya, Maria berusaha menghentikan pertempuran di sekitarnya, seringkali dengan memanggil succubus dan incubus untuk mengganggu para prajurit di kedua belah pihak.
Maria memiliki keyakinan kuat bahwa perang adalah hal yang tidak perlu, dan dia menggunakan kekuatannya tanpa mempedulikan konsekuensi yang mungkin terjadi. Namun, tindakannya yang terus-menerus mengganggu konflik akhirnya menarik perhatian Surga. Malaikat Mikhail pun dikirim untuk menghentikan Maria, dan dia memberikan ultimatum: jika Maria terus menggunakan sihirnya untuk mengganggu manusia, dia akan kehilangan kekuatannya. Selain itu, Maria juga harus tetap perawan, atau dia akan kehilangan semua kekuatannya.
Meskipun dengan ancaman ini, Maria tetap teguh dengan pendiriannya untuk menghentikan peperangan. Dalam perjalanan ceritanya, dia bertemu berbagai karakter, termasuk seorang ksatria bernama Joseph yang mulai memperhatikan Maria
