11eyes: Ketika langit berubah menjadi merah, bulan menjadi hitam, dan monster mulai berkeliaran di jalanan, Satsuki Kakeru tidak tahu harus berbuat apa. Bersama sahabatnya Yuka, mereka mencoba menguraikan mengapa mereka dikirim ke dunia aneh ini, yang tampaknya kosong selain diri mereka sendiri.
Namun, ketika “Malam Merah” berakhir, Kakeru dan Yuka percaya itu semua hanya mimpi—sampai hal itu terjadi lagi, dan mereka berada dalam situasi berbahaya. Mereka bertemu empat orang lainnya dalam kesulitan yang sama: Kusakabe Misuzu, seorang ahli pedang; Tachibana Kukuri, seorang gadis bisu aneh yang terlihat sangat mirip dengan mendiang saudara perempuan Kakeru; Hirohara Yukiko, seorang gadis muda lincah yang kepribadiannya kembali menjadi pembunuh dingin ketika kacamatanya dilepas; dan Tajima Takahisa, seorang ahli pirokinetik muda.
Ketika mereka berenam bersatu untuk bertahan hidup dan menemukan apa itu dunia misterius, keadaan menjadi lebih buruk ketika enam bayangan muncul di hadapan mereka…
