Chuuzenji-sensei Mononoke Kougiroku Berlatar cerita di Tokyo pada tahun 1945, tak lama setelah perang. Bagi Akihiko Chuuzenji, seorang pria cendekia dan pecinta literatur, semua misteri dunia bisa diselesaikan dengan logika dingin. Setelah menjadi guru bahasa Jepang di SMA Mitogawa Tokyo, ia bertemu dengan Kanna Kusakabe, seorang gadis ceria yang punya tekad besar untuk membantu orang lain—meski niat baiknya itu sering malah membuatnya terjerat masalah.
Saat Kanna mengetahui bahwa salah satu teman sekelasnya dikabarkan mati karena kutukan hantu, ia memutuskan menyelidiki gedung sekolah di malam hari—hanya untuk menemukan bahwa “hantu” tersebut ternyata adalah Akihiko sendiri.
Tak ingin rahasia ruang tersembunyi penuh buku terlarang tempatnya bekerja terbongkar ke siswa lain, Akihiko malah menyebarkan rumor bahwa Kanna-lah yang berhasil mengusir hantu itu seorang diri.
Akibatnya, Kanna yang tak tahu apa-apa kini dicap sebagai ahli dunia gaib oleh teman-temannya, dan dipaksa menyelidiki berbagai kejadian aneh di sekolah. Meski kesal, ia masih bisa mengandalkan bantuan gurunya, Akihiko, yang walau berwatak rumit, tetap berusaha membuktikan bahwa akal sehat akan selalu lebih kuat daripada takhayul.
