Detective Conan Movie 28: One-Eyed Flashback ceritanya dibuka di pegunungan bersalju Yatsugatake Mountains di Prefektur Nagano. Seorang polisi bernama Kansuke Yamato mengejar seseorang — tapi dalam kejar-kejaran itu, ia tiba-tiba ditembak. Peluru menggores mata kirinya, lalu longsor besar terjadi, nyaris menelannya hidup-hidup. Dia selamat … tapi mata kirinya rusak selamanya.
Beberapa bulan kemudian, muncul kasus misterius: seorang peneliti di Nobeyama Radio Observatory diserang secara tiba-tiba. Kansuke dan koleganya, Yui Uehara, langsung turun tangan. Tapi anehnya: saat antena raksasa di observatorium diaktifkan, luka lama di mata Kansuke bereaksi — seolah kejadian lama bangkit kembali.
Sementara itu, sahabat lama detektif Kogoro Mouri, yang dulu dari kepolisian Tokyo dan sekarang dikenal sebagai “Wani”, memanggilnya terkait penyelidikan atas insiden longsor tersebut — dan nama Kogoro muncul dalam berkas kasus. Conan pun curiga. Ketika mereka hendak bertemu Wani, tiba-tiba terdengar suara tembakan! Tanda bahwa misteri masa lalu belum benar-benar terkubur.
