Glasslip bercerita tentang seorang gadis bernama Touko Fukami, yang tinggal di kota kecil di tepi pantai dan memiliki impian menjadi pembuat kaca. Bersama dengan teman-teman dekatnya, mereka menikmati musim panas terakhir mereka sebelum memasuki kehidupan dewasa.
Suatu hari, seorang pemuda misterius bernama Kakeru Okikura muncul di kota, dan ia mengungkapkan kepada Touko bahwa ia dapat “melihat fragmen masa depan.” Pertemuan ini mengubah dinamika dalam kelompok pertemanan mereka, dan menyebabkan berbagai konflik dan ketegangan.
