Inu x Boku SS ceritanya dimulai saat Ririchiyo Shirakiin, seorang gadis berusia 15 tahun dari keluarga bangsawan yang terpandang, memutuskan untuk pindah ke Maison de Ayakashi, sebuah kompleks apartemen mewah yang memiliki sistem keamanan yang sangat ketat. Namun, tempat ini bukanlah tempat tinggal biasa; penghuni di sini adalah keturunan youkai (makhluk supernatural) yang memiliki kekuatan khusus dan masing-masing dilindungi oleh agen rahasia dari Secret Service (SS).
Ririchiyo, meskipun berasal dari keluarga kaya, memiliki kepribadian yang sulit dan sering kali bersikap dingin serta sarkastik untuk melindungi dirinya dari rasa kesepian dan rendah diri. Di Maison de Ayakashi, dia bertemu dengan Soushi Miketsukami, seorang agen SS yang ditugaskan untuk menjadi pengawal pribadinya. Miketsukami sangat setia kepada Ririchiyo, bahkan sampai titik pengabdian yang berlebihan. Dia berjanji untuk melindunginya dari segala bahaya dan mendukungnya dalam menghadapi kesulitan apapun.
