Isekai Yakkyoku menceritakan tentang Kanji Yakutani, seorang apoteker yang sangat berbakat di dunia nyata. Namun, dia bekerja terlalu keras hingga akhirnya meninggal karena kelelahan. Setelah kematiannya, Kanji bereinkarnasi di dunia lain sebagai Falma de Medicis, seorang anak kecil yang merupakan keturunan dari keluarga bangsawan dan berprofesi sebagai apoteker kerajaan.
Di dunia baru ini, Falma menemukan bahwa dia memiliki kekuatan sihir yang luar biasa, yang memungkinkannya menciptakan dan mengendalikan zat kimia secara bebas. Dengan pengetahuan medis yang dia bawa dari dunia sebelumnya dan kekuatan barunya, Falma memutuskan untuk merevolusi sistem medis di dunia tersebut. Dia mendirikan apotek yang menawarkan pengobatan terjangkau untuk semua kalangan, menantang monopoli medis yang hanya melayani orang-orang kaya dan bangsawan.
