Kaijuu no Kodomo – Ruka, seorang siswi SMP yang penuh rasa ingin tahu dan memiliki hubungan emosional dengan laut sejak kecil, merasa terasing dari lingkungan sosial dan keluarganya. Setelah dikeluarkan dari klub sekolah karena insiden kekerasan, ia menghabiskan musim panasnya di akuarium tempat ayahnya bekerja.
Di sana, Ruka bertemu dengan dua anak misterius bernama Umi dan Sora, yang dibesarkan oleh dugong dan memiliki koneksi aneh dengan laut. Mereka tidak hanya mampu berenang seperti makhluk laut, tetapi juga memancarkan aura yang membuat Ruka semakin tertarik dengan misteri yang menyelimuti mereka.
Saat fenomena laut aneh mulai terjadi—hilangnya ikan-ikan di seluruh dunia dan munculnya cahaya kosmis di dalam laut—Ruka terseret ke dalam sebuah petualangan spiritual dan kosmologis yang mengaburkan batas antara kehidupan, alam semesta, dan asal-usul manusia.
