Kimi ga Nozomu Eien ceritanya ini berpusat pada seorang mahasiswa bernama Takayuki Narumi yang terlibat dalam cinta segitiga yang rumit.
Awalnya, Takayuki menjalin hubungan dengan Haruka Suzumiya, seorang gadis pemalu yang sangat mencintainya. Namun, sebuah tragedi terjadi ketika Haruka mengalami kecelakaan parah yang membuatnya koma selama beberapa tahun. Selama waktu ini, Takayuki mulai berkencan dengan Mitsuki Hayase, sahabat terbaik Haruka, yang telah mendukungnya melalui masa-masa sulit.
Ketika Haruka akhirnya terbangun dari komanya, dia masih percaya bahwa hubungan mereka belum pernah terhenti. Ini membuat Takayuki harus menghadapi keputusan sulit antara cintanya yang masih ada untuk Haruka dan hubungannya yang telah berkembang dengan Mitsuki.
