Ninja to Koroshiya no Futarigurashi bercerita tentang Satoko Kusagakure, seorang kunoichi (ninja perempuan) yang meninggalkan desanya bersama rekan-rekannya, kini tinggal bersama Konoha, seorang siswi SMA yang bekerja sebagai pembunuh bayaran di kota. Satoko memiliki kemampuan untuk mengubah benda dengan ninjutsu, hal yang langsung menarik perhatian Konoha. Mereka pun membuat kesepakatan: Konoha menyediakan tempat tinggal bagi Satoko, sebagai imbalan atas bantuannya membersihkan jejak setelah misi pembunuhan.
Sambil menghadapi para pembunuh yang dikirim dari desa asal Satoko, menikmati hidangan lezat dari uang hasil membunuh, dan menjalani kekacauan hidup bersama yang tak biasa, kisah ini menggambarkan kehidupan dua teman serumah yang tak terduga—hangat sekaligus penuh kekacauan.
