Papa no Iukoto wo Kikinasai! bercerita tentang Yuuta Segawa, seorang mahasiswa baru yang hidupnya berubah drastis setelah menerima tanggung jawab besar. Cerita dimulai ketika kakak perempuannya, Yuri, meminta Yuuta untuk menjaga ketiga anaknya sementara dia dan suaminya pergi dalam perjalanan. Namun, tragisnya, pesawat yang ditumpangi Yuri dan suaminya mengalami kecelakaan, menyebabkan mereka berdua meninggal dunia.
Setelah kejadian tersebut, Yuuta, yang sangat mencintai kakaknya, memutuskan untuk merawat ketiga keponakannya—Sora, Miu, dan Hina—agar mereka tidak dipisahkan dan diambil oleh kerabat lainnya. Meskipun dia sendiri masih mahasiswa dan tinggal di apartemen kecil, Yuuta dengan berani mengambil peran sebagai pengasuh untuk ketiga gadis itu.
Anime ini mengikuti perjuangan Yuuta dalam menyeimbangkan kehidupan kuliahnya dengan tanggung jawab barunya sebagai pengasuh. Sementara itu, ketiga gadis tersebut juga harus beradaptasi dengan kehidupan baru mereka tanpa orang tua mereka, tetapi dengan dukungan dan cinta dari paman mereka.
