Anime Pluto kisahnya berpusat pada Gesicht, seorang detektif robot dari Europol, yang menyelidiki serangkaian pembunuhan brutal yang menargetkan para robot paling kuat di dunia, serta manusia yang terlibat dalam upaya menciptakan mereka. Keanehan muncul karena korban ditemukan dalam keadaan tak biasa—terdapat “tanduk” yang ditancapkan di lokasi kejadian, simbol yang tak bisa dijelaskan secara logika biasa.
Semakin dalam Gesicht menggali kasus ini, semakin banyak ia menemukan jejak masa lalu yang kelam, konspirasi tingkat tinggi, serta batas kabur antara kecerdasan buatan dan kesadaran sejati. Di balik semua ini, tersimpan entitas misterius bernama Pluto, yang keberadaannya mengancam perdamaian dunia dan eksistensi para robot dengan perasaan.
