Toki wo Kakeru Shoujo – Makoto Konno, siswi SMA biasa, menjalani hari-harinya dengan santai: bangun kesiangan, telat ke sekolah, main baseball sama dua sahabatnya—Chiaki dan Kousuke. Namun semuanya berubah saat ia secara tak sengaja memperoleh kemampuan aneh: melompati waktu.
Awalnya, Makoto menggunakan kekuatan itu untuk hal-hal sepele—menghindari ujian, memperpanjang waktu karaoke, atau memperbaiki momen canggung. Tapi ia segera sadar bahwa setiap lompatan waktu membawa konsekuensi, tak hanya untuk dirinya, tapi juga bagi orang-orang yang ia sayangi.
Ketika perasaannya pada Chiaki mulai berkembang, dan rahasia tentang masa depan mulai terungkap, Makoto harus menghadapi kenyataan pahit: waktu tidak bisa terus diulang, dan beberapa hal memang harus terjadi.
