Virgin Punk: Clockwork Girl berlatar pada tahun 2099, dimana manusia telah mencapai kemajuan besar dengan teknologi android medis bernama “Somadea”, yang mampu mengatasi berbagai cedera dan penyakit. Seiring perkembangannya, kejahatan yang memanfaatkan teknologi ini juga meningkat. Syarat menerima bounty: bawa otak kriminal buronan yang memiliki Somadea ilegal ke pihak berwenang. Target dalam keadaan hidup atau mati tidak menjadi masalah.
Somadea memberikan kemampuan fisik yang melampaui tubuh manusia biasa. Melalui modifikasi ilegal, teknologi ini dapat disalahgunakan untuk berbagai tindak kriminal. Untuk mengatasinya, pemerintah membentuk sistem bounty hunter. Warga sipil yang terdaftar diperbolehkan membunuh pengguna Somadea ilegal yang telah ditetapkan sebagai buronan oleh polisi, dengan imbalan uang dalam jumlah besar.
Di dunia yang keras ini, Ubu Kamigori mencari nafkah sebagai bounty hunter dengan memburu para kriminal. Suatu hari, setelah kembali dari pekerjaannya, ia menemukan seseorang yang memiliki masa lalu kelam dengannya telah menunggu di rumahnya—Mr. Elegance. Sejak saat itu, hidupnya mulai berubah. Kisah aksi penuh ketegangan ini mengikuti perjalanan para gadis mekanis di tengah dunia yang dipenuhi asap mesiu.
