Ixion Saga DT mengikuti petualangan Hokaze Kon, seorang gamer yang secara tidak sengaja berpindah ke dunia fantasi bernama Mira saat bermain game online. Di dunia baru ini, Kon terlibat dalam perang antara kerajaan dan kekaisaran. Ia bertemu dengan seorang putri muda bernama Ecarlate, yang harus dilindungi dalam perjalanannya untuk menikah demi menjaga perdamaian kerajaan.
Kon, meskipun tidak memiliki pengalaman bertarung di dunia nyata, memiliki kemampuan khusus yang membuatnya berguna dalam situasi pertempuran. Bersama dengan para pengikut Ecarlate—seorang pendekar pedang bernama Sainglain dan seorang penyihir wanita bernama Marian—Kon harus melindungi sang putri dan menghadapi berbagai musuh, termasuk pasukan misterius yang berusaha menggagalkan pernikahan.
